La Iglesia Las Mercedes, una construcción que duró 32 largos años (entre el 1527 y 1555), fue iniciada por Rodrigo Gil de Liendo y, luego de una interrupción de al rededor de dos años, pudo ser terminada con la ayuda de Carlos V.

En el año 1586 Francis Drake (El corsario) la deterioró seriamente, así como los ciclones del 1615 y 1628.
En el año 1635 fue restaurada por Pedro de Portillo.